全自動菌落計數儀主要是利用圖像采集器采集圖像，通過計算機對圖像進行分析，自動計數和測量細菌在固體培養基上生長而形成的肉眼可見的菌落或菌斑。廣泛應用于食品和飲料中的品質和衛生檢驗、水質分析、乳及乳制品的檢測、醫院臨床檢驗、化妝品檢驗、環保監測和藥品的品質與質量檢測等。隨著運用日益頻繁，用戶對于全自動菌落計數儀的準確性也越來越。近年來全自動菌落計數儀的發展具體體現在下面幾個方面： 
    1、成像方面，傳統的手動菌落計數器，使用的是放大鏡，一般可放大1.7倍到3倍。現在使用的菌落計數器已經具有了圖片拍攝功能，而且CCD的 規格越來越高，現在市場上銷售的儀器所配置的CCD規格是300萬到1000萬像素不等，分辨率也從原來的0.08mm增強到了現在的0.01mm，圖像 清晰度大大提高。另外應基層微生物實驗室的使用需求，還增加了圖像特性獲取功能。 
    2、圖像處理功能，具有圖像調節，圖像增強，圖像濾波，邊緣檢測，形態學運算等，這些都是傳統的菌落計數器所沒有的。 
    3、在統計功能方面，不再局限于傳統的數量統計。現在市場上出現的全自動菌落計數器，已經增加了一些智能識別技術，可全皿菌落統計，區域選擇統 計，鼠標點擊統計，排污區域計數，直徑分類統計，顏色識別統計等。更先進的全自動菌落計數器還帶有自動雜質剔除，菌落粘連分割大腸桿菌技術等等。
    4、測量功能和抑菌圈自動測量方面也是原來的菌落計數器所沒有，更有先進的儀器已經具有了藥敏分析功能。不過，這種菌落計數器多用在微生物實驗室等數據要求較高的領域，價格也不便宜，市場價多在8，9萬左右。 
    5、在數據庫的處理方面，較傳統的菌落計數器，增加了數據存儲，智能查詢，數據導出等，有的還可以設置操作者使用權限，數據修改權限設置等，使測量的數據更加安全。同時，還可以在線編輯，報表打印。