平板菌落計數法是將待測樣品經適當稀釋之后，其中的微生物充分分散成單個細胞，取一定量的稀釋樣液接種到平板上，經過培養，由每個單細胞生長繁殖而形成肉眼可見的菌落，即一個單菌落應代表原樣品中的一個單細胞。統計菌落數，根據其稀釋倍數和取樣接種量即可換算出樣品中的含菌數。但是，由于待測樣品往往不易*分散成單個細胞，所以，長成的一個單菌落也可來自樣品中的2～3或更多個細胞。因此平板菌落計數的結果往往偏低。為了清楚地闡述平板菌落計數的結果，現在已傾向使用菌落形成單位(colony-forming units，cfu)而不以菌落數來表示樣品的活菌含量。
平板菌落計數法雖然操作較繁，結果需要培養一段時間才能取得，而且測定結果易受多種因素的影響，但是，由于該計數方法的優點是可以獲得活菌的信息，所以被廣泛用于生物制品檢驗(如活菌制劑)，以及食品、飲料和水(包括水源水)等的含菌指數或污染程度的檢測。


平板菌落計數法操作步驟 
1、編號 
取無菌平皿9套，分別標明為10-4、10-5、10-6各三套，另取6支無菌試管分別標記為10-1、10-2、10-3、10-4、10-5、10-6。 
2、稀釋 
用1mL無菌吸管吸取1mL已充分混勻的大腸桿菌菌懸液，精確地放0.5mL至10-1的試管中，此即為10倍稀釋，將多余的菌液放回原菌液中。 
將10-1試管充分振蕩、混勻。另取一支1ml吸管插入10-1試管中來回吹吸菌液三次，進一步將菌體分散、混勻。動作不要太猛太快，吸時插入，吹時提出，再用此吸管吸取10-1菌液1mL，精確地放0.5mL至10-2試管中，此即為100倍稀釋，依次類推， 
3、取樣 
用三支1ml無菌吸定分別吸取10-4、10-5、10-6的稀釋菌懸液各1mL，對號放入編好號的無菌平皿中，每個平皿放0.2mL 
4、倒平板 
盡快向上述盛有不同稀釋菌液的平皿中倒入融化后冷卻至45度的LB培養基約15-20ml，置水平位置迅速旋動平皿，使培養基與菌液混合均勻。 
5、培養 
倒置于37度培養箱中培養48小時， 
6、計數 
算出同一稀釋度三個平板上的菌落平均數，并按下列公式進行計算； 每毫升中菌落形成單位（cfu）= 同一稀釋度三次重復的平均菌落數×稀釋倍數×5